Bacterial Genome Data mining & Bioinformatic Analysis
Curriculum vitae for Dr. Xiangyang Li
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我们可以满足客户下面相关分析的要求

1)微生物基因组高质量注释

    高通量测数据拼接,基因组(草图或完整图)提交NCBI和注释,蛋白质功能聚类(COG,GO),代谢途径预测(KEGG)

2)基于高通量读长数据分析SNP(包括碱基插入与缺失突变等等)(需提供参考基因组菌株)

    确定所有SNP详细信息;所处位置的基因功能注释;环状图全局展示SNP的物理位点及发生频率;基于SNP信息推导致病菌株谱系进化关系

3)基因组比较分析

    核心和元基因组分析(core and pan genome)(包括其他研究者已公布的基因组);系统进化树构建(核心蛋白质树,核心核苷酸树,SNP树);菌株独特基因分析(strain-specific gene)

4)基因组进化分析(针对多个基因组)(价格视基因组个数及亲缘关系而定,数据量大小会显著变化)

    基因组平均核苷酸相似度计算(Average Nucletide Identity,ANI);正向选择分析(positive selection);遗传距离计算(genetic distance);群体重组分析(同源重组/非同源重组)(相当于群体的遗传物质流动 gene-flow)。

5)常规基因组图形绘制

    a. 圆圈图绘制(对基因组个数无限制)
    b. 基因组共线性图(多个基因组比对一个参考基因组,或单个基因组比对一个参考基因组

6) 除了上述项目之后的其他分析服务(价格商量)

7)基因组上述分析项目全套分析服务

特别推荐

Journal of Biotechnology (IF=2.67)

Genomic Announcement

(细菌完全基因组可发表)

 

 
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