Bacterial Genome Data mining & Bioinformatic Analysis
Curriculum vitae for Dr. Xiangyang Li
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微生物基因组分析培训讲义

 

第一块 基因组NCBI提交及注释(新版)

  1. Contig序列处理及提交程序
  2. 基因组图绘制(草图)

第二块 常规linux操作命令及注意事项

  1. Blast 本地化操作(基因组分析基本项,广泛应用)
  2. Linux软件安装(命令操作,远远复杂于windows的双击安装)
  3. Bio-linux 集成软件使用(该系统由牛津大学环境资源系开发,已经预安装了超过500多种常规生物信息学软件)
  4. 经典基因组比较软件介绍及使用

第三块 细菌基因组分析常规分析项:

  • 基因组进化树
    利用核心蛋白质做进化树(最常见)
    利用SNP做进化树
    利用元基因组做进化树(基因的有和无)
  • 蛋白质内容分析
    Pan/core-genome (基因组分析重点,用于基因组多样性,亲缘关系)
    Specific-gene (菌株独特基因,重点关注)
  • 蛋白质功能分析
    COG分类(可以比较不同基因组的蛋白质功能类别)
    GO分析(同上)
    KEGG

第四块 基因组特征比较分析

  • 移动元件分析 (可能携带重要特征基因如抗性,致病性,特异代谢基因簇)
    Insertion sequence (IS)
    Prophage
    Genome island
  • 免疫元件分析(CRISPR)
  • 基因组结构分析(共线性分析)
    检测可能的水平基因转移(重点)
    从基因组共线性角度研究菌株与菌株之间的亲缘关系
  • 基因组核苷酸多态性分析(SNP)(用于基因组多样性,遗传距离等进化分析)

第五块:细菌基因组分析文章案例:

  1. The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics 2012; 13:112.
  2. Genomic characterization of the Yersinia genus. Genome Biology2010, 4;11(1)
  3. Genomic Characterization of the Taylorella Genus. PLoS ONE 2012; 7(1): e29953. ?
  4. Comparative genomics of plant-associated Pseudomonas spp.: insights into diversity and inheritance of traits involved in multitrophic interactions PLoS Genet. 2012;8(7):e1002784.
  5. Genome sequence analyses of Pseudomonas savastanoi pv. glycinea and subtractive hybridization-based comparative genomics with nine pseudomonads. PLoS One. 2011;6(1):e16451.

 

 

 
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